Первое упоминание о деревянном храме относится к 1625 году. В 1657 году храм был уже каменный, а в 1677 году назван своим полным именем «Николая Чудотворца у митрополичьих конюшен».

Ныне существующая каменная церковь заложена несколько в стороне от первоначальной 21 мая 1679 года при царе Федоре Алексеевиче. Освящение состоялось 25 июня 1682 года. Одностолпная трапезная с приделами и колокольня были пристроены позднее.

В 1812 году, во время Отечественной войны, интерьер здания был частично разрушен, однако к 1849 году его восстановили. В 1845 году стены храма были расписаны. В начале XIX века возведены ограда и ворота.

Храм реставрировали в 1896, 1949 и 1972 годах, он никогда не закрывался.

В 1992 году на колокольню подняли колокол весом в 108 пудов.

http://www.pravmir.ru/moskovskiy-hram-svyatitelya-nikolaya-mirlikiyskogo-v-hamovnikah-peredan-tserkvi/